屋顶防水层无论采用哪种形式和材料，均构成整个屋顶的防水排水系统，一切所需要的管道、烟道、排水孔、预埋铁件及支柱等屋顶的设施，均应在做屋顶防水层时妥善处理好其节点构造，特别是要注意与土壤连接部分和排水沟水流终止的部分。整体刚性防水层往往因这些细小的构造节点处理不当，而造成整个屋顶防水的失败。另外，按常规设置纵横的分格缝，构造复杂，容易渗漏。安装防水板时，当一块防水板宽度不够，需几块并排安放时，应注意板与板的接缝部分最好用粘合剂完全黏牢。否则即使出现微小的缝隙，也会影响防水效果。缝隙处常存在的空气和水，还会为植物根系生长提供条件，根的生长壮大使缝隙逐渐增大，最终多会造成漏水现象发生。同样，石板面与防水板之间的空隙也会为根的生产提供潜在的空间。

        施工方法以热涂效果为佳，热涂材料加温后可渗透至缝隙。屋面薄弱部分，如出气孔道周围、女儿墙周边，应加强处理。尤其是女儿墙周边，防水层应延伸上翻至墙上几十厘米，超过将来花坛上层的位置，否则，极易因此渗漏。防水层的厚度、层数都应严格按照国家有关规定、规范施工，至少应是“一布两油”，即两层热涂油质材料，中间一层作“筋”的防水布料。防水处理竣工后应以高标号水泥砂浆抹面，保护防水层。应避免在潮湿条件下施工，屋面未干透也不宜施工。防水层做好后应及时养护，蓄水后不得断水。屋顶花园的各项园林工程和建筑小品只有在确认屋顶防水工程完整无损的条件下才可施工。