对绿化屋顶的主要威胁是植物根系穿透屋面。植物的根为了获得水分和养料往往会穿透屋顶援盖层，破坏了屋顶的密封层，迄今为止尚未弄清这个问题。这种穿损现象是由于根系的机械作用还是由于化学作用，通过
认真分析之后有以下看法:还没有搞清楚根系的侵蚀作用;缺少对屋面密封材料耐植物根系穿透能力的测定方法;未制定出符合实际要求的技术标准、规范和有关条例。
　　虽然至今还没有研究清楚植物根系穿损屋面密封层的原因，但通过一系列试验研究之后表明，草的嫩根中含有一种醚油，这种醚油能溶解密封材料，致使材料破坏，但至今仍未找到更科学的理论根据。
　　到目前为止，也未研究出检测根系穿透能力的有效方法。在1963年5月公布的DIN 4038的基础上又制定了DIN 4062，但仍未清楚地说明这个问题，目前德国工业标准(DIN)中所规定的检测方法的主要缺点是侧定时间太长，约需6一8周。
　　有的屋顶密封层虽符合德国工E’1标准4062中规定的抗植物穿透的要求，但经过几年之后，又出现屋面被植物根穿透的现象，使密封层遭到破坏。由此看来，这个问题还需要进行深入地研究〔341目前许多有名的专家正力图在大量的试验与研究基础上探求出一种科学的测量方法，然后定为标准。
　　为了使建筑设计更符合环境保护的要求和满足屋顶绿化的需要，人们需要尽快地研究出一种检测根系穿透屋面的方法并制定出规定。德国农业发展和风景建设研究组织(FLL)制定了一些有关原则，这些可以作为规定或标准加以实施和利用。