从目前的认识程度出发，将根系对屋面危害程度降低到最小限度，下面介绍两种方法:在不耐根系损坏的密封层上铺一层抗穿透层，然后在其上面的基质层中种植植物;新铺的耐穿透层薄膜与密封层共同作屋顶的复合式密封层。
　　以上两种方法都需要精心地进行施工，尤其必须遵守一防水屋顶的设计与施工规范”中的规定，在此规范中还向厂商提出了加工各种材料的要求，同时也向施工人员提出施工质量标准。
　　试验证明，屋顶结构的衔接处容易发生问题:即墙与阁楼、天窗、天线、露台门及通风口的接缝位置，但是这些可以从结构古而加以解决。
　　目前联邦德国一些厂家根据他们自己进行试验研究的经验向用户保证，他们生产的屋顶密封层产品的耐植物根穿透使用寿命可达5年。施工时必须注意材料性能的说明和塑料、橡胶铺层的施工要求。
  .屋顶土壤少，土层和基质层也有限，因此供植物吸收的水分也不够充足，缺少水分严重地影响着绿化屋顶的气候条件，绿化屋顶的温度比绿地的温度高得多，屋顶的风速比地面也大，风直接从植物上掠过，可以转变风向，使之成为旋风，从而使屋顶的气温比地面绿地的气温高一些，因此屋顶更加干燥，温差也就越大。
　　设计工作的任务是将绝大部分雨水蓄存起来供植物吸收，并使植物在特殊环境中茂盛地生长，在少浇水或不浇水的条件下，植物在屋顶上长期生长是可能的。
　　保证植物在屋顶上长期生长的途径如下:选择适合在屋顶上生长的植物;在基质层中掺入蓄水物质;排水材料中混入蓄水物质;排水层中蓄存雨水;安装人工浇水设备，如喷水器和洒水器;在排水层中采取措施，使之蓄存最低需要水量。